激しい戦いを終えた虎杖悠仁、伏黒恵、釘崎野薔薇の三人は、それぞれ心に深い痕跡を残していた。
悠仁は、呪霊がかつて人間だった現実に胸を痛めながらも、「仲間を守るために戦う」という信念を改めて固める。伏黒は仲間の成長を感じつつ、自らの力不足を痛感し、さらなる強さを求めて決意を新たにする。釘崎は普段通りの強気な態度を見せるが、心の奥では命の重さと戦う恐怖を実感していた。その一方で、真人は密かに動き出し、人間社会に新たな混乱をもたらす計画を進行させていた。平穏の影に潜む不穏な気配が、悠仁たちに迫る次なる試練と戦いの到来を告げていた――。
ゼニン家がナオビト・ゼニンの遺言を巡って集結。ナオヤは長男としての継承を期待していたが、驚くべき条項により 伏黒恵（めぐみ） が後継者に指名されていることが明らかになる。ナオヤは憤慨し、渋谷で悠仁と恵を狙う計画を立て始める。――遺産を巡る争いが一段と深刻な局面を迎えた。
呪霊との激闘を終えた虎杖悠仁は、自身の体に宿る宿儺の存在が、以前よりも強く脈打っていることに気づく。静寂に包まれた夜、悠仁は心の奥底へと引きずり込まれ、再び“内なる領域”で宿儺と対峙する。宿儺は嘲るように笑いながら告げた。「お前が弱ければ弱いほど、俺は強くなる」と。その言葉に、悠仁の恐怖と怒りは巧みに揺さぶられる。必死に抵抗する悠仁だったが、宿儺は人の命を弄ぶような挑発を残し、姿を消す。
第250話では、乙骨優太（ユタ）が自身の領域展開「Authentic Mutual Love」を発動し、無限の模倣術式を駆使して宿儺を追い込む。領域内には無数の刀が配置されており、それぞれにユタがコピーした術式が秘められている。一方、虎杖悠仁（ユウジ）は魂を狙った攻撃で宿儺と戦い、彼の呪力を徐々に削ろうとする。 最終的に、ユタは宿儺の技「Cleave（スライス技）」を模倣して反撃し、かなりのダメージを与える展開となる。
呪術高専への進学を決意した虎杖悠仁は、五条悟に導かれ、東京にある呪術高専を訪れる。そこで彼は、先輩にあたる2年生の伏黒恵、そして同じ1年生の釘崎野薔薇と顔を合わせることになる。やがて最初の実地任務として、悠仁と野薔薇は五条の命令で、廃ビルに潜む呪霊の討伐へ向かう。張り詰めた空気と恐怖に包まれる中、悠仁は初めて本格的に呪いと向き合い、人を守るために戦うという決意を胸に刻むのだった。
渋谷の路上で虎杖と東堂の戦いは激化し、真人は最後の切り札として、わずか0.2秒だけ発動可能な領域展開を繰り出す。分裂したもう一人の自分や改造人間を駆使し、勝機を掴もうとする真人に対し、虎杖と東堂は連携と攻撃をさらに強化して反撃を試みる。戦局はついに最高潮へと突入していった。
虎杖は東堂の援護を受け、胸に渦巻く怒りと覚悟を力に変えて、真人へ渾身の一撃を叩き込む。形態を自在に変え、術式を駆使して必死に食い下がる真人だったが、成長を遂げた虎杖の力と揺るがぬ決意に押され、次第に追い詰められていく。渋谷を舞台にした死闘は極限へと到達し、ついに真人の運命が決定づけられる瞬間へと突入していった――。